Меня не оставляло беспокойство об ошибках в работе: http://fotkidepo.ru/?id=photo:681547
И как вариант я вспомнил, что если что-то не получается целиком, то можно сделать по частям... В итоге панорама была собрана в двух частях в разных программах: в Аутопано из 2 кадров, в ФШ из 4 кадров и финишное объединение этих частей руками в ФШ. Результат вы можете сравнить сами