При сканировании в VueScan на некоторых кадрах тоже появлялись такие вертикальные полосы. Закономерности не нашёл. Как будто сканеру надоедает сканировать нормально и он начинает полосить. Положение спасало сканирование в 7200dpi, а на выходе ставил уменьшение размера в 2 раза, чтобы получить 3600dpi - VueScan позволяет так делать, а большее разрешение мне было избыточным. Но это лишь частичный выход из проблемы, т.к. время сканирования многократно возростало.